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继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
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叶莲娜·利亚多娃 , 斯塔西亚·米洛斯拉夫斯卡娅 , 安娜·奇波夫斯卡娅 , 亚历山德拉·雷贝诺克 , 玛丽娜·瓦西里娃 , 尤里亚·凯林娜 , Anna Sobolevskaya , Alisa Rudenko , Alisa Kretova , Marta Evstigneeva , Ilya Kondratenko
朗贝尔·维尔森,阿蜜拉·卡萨,卡洛尔·布盖,琪塔·昂罗,皮埃尔·德隆尚,安托万·赖纳茨,安妮·康斯金尼,弗洛伦斯·卢瓦雷·卡耶,朴智敏,柯朗坦·菲拉,文森特·科隆布,马尔万·廷胡加,塞缪尔·博拉夫曼-芒蒂尔,Sébastien Corona,Sophie Froissard,Romain Barreau,Julian Belle
里斯·谢尔史密斯 , 史蒂夫·佩姆伯顿 , 丹尼尔·卡卢亚 , 黛西·海格达 , 唐·弗兰奇 , Lisa Hammond , 艾琳·阿特金斯 , 丹尼尔·英格斯 , 艾美达·斯丹顿 , 马克·博纳尔 , 维尔马·哈林布瑞 , 阿德里安·斯卡伯勒 , 伊莱耶斯·加贝尔 , 杰森·沃特金斯 , 伊丽莎白·贝林顿 , James Holmes , 克里斯托弗·比金斯 , 戴维·鲍姆伯 , Debbie Chazen , 汤姆·安德鲁斯 , 詹妮弗·亨内斯 , 莎拉·索蕾玛尼 , 露西·哈钦森 , 尼克·霍尔德
妮可拉·沃克,史蒂芬·曼甘,安娜贝尔·斯考莉,菲奥娜·巴顿,黛博拉·芬德莱,巴里·阿茨玛,楚克武迪·武吉,埃洛拉·托尔基亚,鲁迪·达马林加姆,伊丽莎白·罗伯茨,莫莉·考恩,泰·赫尔利,托比·奥利弗,戴米恩·莫隆尼,唐娜·艾尔,梅拉·沙尔,阿弗拉比·阿里,史蒂芬·汤普金森,安东尼·海德,寇布勒·霍尔德布鲁克-史密斯,马修·贝恩顿,麦琪·奥尼尔,玛雅·索地,凯瑞·福克斯,伊恩·麦克尔希尼,劳拉·艾克曼,黛博拉·洛克,布莱恩·迪克,克莱尔·拉什布鲁克,尼古拉斯·格利夫斯,露丝·布莱德利,保罗·克莱顿
