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继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
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里斯·谢尔史密斯 , 史蒂夫·佩姆伯顿 , 丹尼尔·卡卢亚 , 黛西·海格达 , 唐·弗兰奇 , Lisa Hammond , 艾琳·阿特金斯 , 丹尼尔·英格斯 , 艾美达·斯丹顿 , 马克·博纳尔 , 维尔马·哈林布瑞 , 阿德里安·斯卡伯勒 , 伊莱耶斯·加贝尔 , 杰森·沃特金斯 , 伊丽莎白·贝林顿 , James Holmes , 克里斯托弗·比金斯 , 戴维·鲍姆伯 , Debbie Chazen , 汤姆·安德鲁斯 , 詹妮弗·亨内斯 , 莎拉·索蕾玛尼 , 露西·哈钦森 , 尼克·霍尔德
妮可·基德曼 , 伊萨·雷 , 贝蒂·吉尔平 , 辛西娅·埃里沃 , 梅里特·韦弗 , 爱丽森·布里 , 梅拉·沙尔 , 菲韦尔·斯图尔特 , 卡拉·海沃德 , 朱迪·戴维斯 , 西蒙·贝克 , 金大贤 , 杰克·约翰逊 , 贾斯汀·柯克 , 瑞琪·琳德赫姆 , 杰森·曼楚克斯 , 休·丹西 , 克里斯·劳威尔 , 艾戈·乌迪姆 , 吉莉恩·贝尔 , 格里芬·马修 , 劳伦·E.班克斯 , 尼克·克罗尔 , P·J·伯恩 , 泰勒·尼科斯 , 艾丽卡克鲁兹 , 乔丁·韦茨 , 弗雷德·格兰迪 , 伯纳德·
乔什·安德烈斯·里维拉,帕特里克·施瓦辛格,托马斯·萨多斯基,坦米·布兰查德,诺尔贝特·里奥·布茨,Lindsay Mendez,杰里·勒维尼,Scot Ruggles,Leo Solomon,Tony Yazbeck,罗斯·吉尔格尔,Laith Wallschleger,卡拉马·爱泼斯坦,克莉·巴特勒,Ben Turner Dixon,Evyn George,Brett Tomberlin,Phede Celestin,Briana Aponte,Leigh DeLollis
安德鲁·加菲尔德 , 内森·连恩 , 拉塞尔·托维 , 阿曼达·劳伦斯 , 丹妮斯·高夫 , 内森·斯图尔特-贾瑞特 , 马克·阿诺德 , 苏珊·布朗 , 詹姆斯·麦卡德尔 , 凯蒂·哈珀
布莱恩·乔丹·阿尔瓦雷斯,萨凡娜·甘,Emily Topper,Sarah Kopkin,Jon Levine,Ralphael Lester,梅森·道格拉斯,Treylan Newton,Matthew Smitley,Michael Andrew Ajazi,Via Roz,Ben Bondurant,Brooke Butterworth,Cassie Lowe,Sebastian Wiley,Carson Blyskal,Zikora Mbadugha,恩里克·克兰东尼,卡门·克里斯托弗,斯蒂芬妮·
凯特·温斯莱特 , 盖·皮尔斯 , 埃文·蕾切尔·伍德 , 梅尔·温宁汉姆 , 摩根·特纳 , Quinn McColgan , Annette Arnold , Maitely Weismann
