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继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
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叶莲娜·利亚多娃 , 斯塔西亚·米洛斯拉夫斯卡娅 , 安娜·奇波夫斯卡娅 , 亚历山德拉·雷贝诺克 , 玛丽娜·瓦西里娃 , 尤里亚·凯林娜 , Anna Sobolevskaya , Alisa Rudenko , Alisa Kretova , Marta Evstigneeva , Ilya Kondratenko
莱丝利·曼维尔,蒂姆·迈克穆兰,康勒斯·希尔,马克·加蒂斯,皮帕·贝内特-华纳,Shane G. Casey,比莉·加德斯登,Daniel Charles Doherty,Chloe Harris,Paul Dunphy
科林·法瑞尔,克里斯汀·米利欧缇,索瑞·安达斯鲁,迪尔德丽·奥康奈尔,马克·斯特朗,克兰西·布朗,迈克尔·凯利,斯科特·科恩,詹姆斯·马迪欧,迈克尔·泽根,迈尔斯·哈姆帕斯,卡门·艾乔戈,贝尔托·科隆,弗朗克西斯·周,Alex Anagnostidis,艾米丽·梅德, 克雷格·沃克,Ava Grey,Adrienne Acevedo Lovette,Kresh Novakovic,Mershad Torabi
乔什·安德烈斯·里维拉,帕特里克·施瓦辛格,托马斯·萨多斯基,坦米·布兰查德,诺尔贝特·里奥·布茨,Lindsay Mendez,杰里·勒维尼,Scot Ruggles,Leo Solomon,Tony Yazbeck,罗斯·吉尔格尔,Laith Wallschleger,卡拉马·爱泼斯坦,克莉·巴特勒,Ben Turner Dixon,Evyn George,Brett Tomberlin,Phede Celestin,Briana Aponte,Leigh DeLollis
伊丽莎白·莫斯,阿丽克西斯·布莱德尔,伊冯娜·斯特拉霍夫斯基,麦克思·明格拉,安·唐德,玛德琳·布鲁尔,约瑟夫·费因斯,乔丹娜·布莱克,阿曼达·布鲁盖尔,克里·杜瓦尔,O·T·法格本,切莉·琼斯,西德尼·斯维尼,萨米拉·威利
