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继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
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莱丝利·曼维尔,蒂姆·迈克穆兰,康勒斯·希尔,马克·加蒂斯,皮帕·贝内特-华纳,Shane G. Casey,比莉·加德斯登,Daniel Charles Doherty,Chloe Harris,Paul Dunphy
克雷蒙斯·施伊克 , 马蒂娜·格德克 , 约纳斯·奈伊 , 罗伯特·施塔德洛伯 , 海纳·劳特尔巴赫 , 彼得·施奈德 , 杰拉德·亚历山大·海德 , 安娜·卢斯 , 亨丽埃特·肯夫里乌斯 , 马克西米连·布鲁克纳 , Florian Brückner
萨曼莎·邦德,乔·玛蒂娜,卡拉·霍根,娜塔丽·朱,丽塔·塔欣厄姆,Sophia Ally,伊恩·巴里特,Niall Costigan,霍莉·登普西,马克·福斯特,Molly Hanson,朱丽叶·霍兰德,Teagan Imani,艾拉·基尼昂,Phill Langhorne,丹尼尔·莱派恩,里希·奈尔,Amelia Valentina Pankhania,Phillipa Peak,Ethan Quinn
妮可拉·沃克,史蒂芬·曼甘,巴里·阿茨玛,黛博拉·芬德莱,安娜贝尔·斯考莉,菲奥娜·巴顿,戴米恩·莫隆尼,唐娜·艾尔,鲁迪·达马林加姆,希滕·珀泰尔,泰·赫尔利,莫莉·考恩,伊丽莎白·罗伯茨,托比·奥利弗,Ben Bailey-Smith,楚克武迪·武吉,西沃恩·卡伦,Ria Fend,Amaka Okafor
塞尔吉奥·阿奎罗 , 提克希奇·贝吉里斯坦 , 克劳迪奥·布拉沃 , 凯文·德布劳内 , 曼尼尔·埃斯蒂亚特 , 何塞普·瓜迪奥拉 , 伊卡尔伊·京东安 , 本·金斯利 , 大卫·席尔瓦 , 拉希姆·斯特林 , 约翰·斯通斯 , 凯尔·沃克 , 米克尔·阿尔特塔 , 诺尔·加拉格 , 若泽·穆里尼奥 , 尤尔根·克洛普 , 穆罕默德·萨拉赫 , 布莱恩·基德
乔什·安德烈斯·里维拉,帕特里克·施瓦辛格,托马斯·萨多斯基,坦米·布兰查德,诺尔贝特·里奥·布茨,Lindsay Mendez,杰里·勒维尼,Scot Ruggles,Leo Solomon,Tony Yazbeck,罗斯·吉尔格尔,Laith Wallschleger,卡拉马·爱泼斯坦,克莉·巴特勒,Ben Turner Dixon,Evyn George,Brett Tomberlin,Phede Celestin,Briana Aponte,Leigh DeLollis
