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继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
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叶莲娜·利亚多娃 , 斯塔西亚·米洛斯拉夫斯卡娅 , 安娜·奇波夫斯卡娅 , 亚历山德拉·雷贝诺克 , 玛丽娜·瓦西里娃 , 尤里亚·凯林娜 , Anna Sobolevskaya , Alisa Rudenko , Alisa Kretova , Marta Evstigneeva , Ilya Kondratenko
莱丝利·曼维尔,蒂姆·迈克穆兰,康勒斯·希尔,马克·加蒂斯,皮帕·贝内特-华纳,Shane G. Casey,比莉·加德斯登,Daniel Charles Doherty,Chloe Harris,Paul Dunphy
妮可拉·沃克,安娜贝尔·斯考莉,黛博拉·芬德莱,菲奥娜·巴顿,史蒂芬·曼甘,巴里·阿茨玛,鲁迪·达马林加姆,楚克武迪·武吉,戴米恩·莫隆尼,伊丽莎白·罗伯茨,伊恩·麦克尔希尼,莫莉·考恩,托比·奥利弗,劳拉·普沃
贝塔·巴斯克斯 , 阿尔巴·弗洛雷斯 , 玛利亚·迪亚兹 , 玛尔塔·阿莱多 , 纳瓦·尼姆利 , Laura Baena , 赫苏斯·卡斯特洪 , 英玛·奎瓦斯 , 玛吉.斯班多斯 , 拉米罗·布拉斯 , 罗伯托·恩里奎兹 , 克里斯蒂娜·普拉萨斯 , Carlos Hipólito , 露丝·迪亚斯 , 伊西娅尔·卡斯特罗 , 邱惠祺 , 路易斯·卡叶赫 , 维罗妮卡·莫拉勒 , 玛利亚·莫拉雷斯
克雷蒙斯·施伊克 , 马蒂娜·格德克 , 约纳斯·奈伊 , 罗伯特·施塔德洛伯 , 海纳·劳特尔巴赫 , 彼得·施奈德 , 杰拉德·亚历山大·海德 , 安娜·卢斯 , 亨丽埃特·肯夫里乌斯 , 马克西米连·布鲁克纳 , Florian Brückner
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