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继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
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叶莲娜·利亚多娃 , 斯塔西亚·米洛斯拉夫斯卡娅 , 安娜·奇波夫斯卡娅 , 亚历山德拉·雷贝诺克 , 玛丽娜·瓦西里娃 , 尤里亚·凯林娜 , Anna Sobolevskaya , Alisa Rudenko , Alisa Kretova , Marta Evstigneeva , Ilya Kondratenko
妮可拉·沃克,安娜贝尔·斯考莉,黛博拉·芬德莱,菲奥娜·巴顿,史蒂芬·曼甘,巴里·阿茨玛,鲁迪·达马林加姆,楚克武迪·武吉,戴米恩·莫隆尼,伊丽莎白·罗伯茨,伊恩·麦克尔希尼,莫莉·考恩,托比·奥利弗,劳拉·普沃
Ulf Stenberg,Miriam Ingrid,Oliver Dufåker,Aliette Opheim,托比亚斯·齐哈库斯,Jacob Nordenson,Tomas Bergström,Charlotta Jonsson,Otto Fahlgren,Alfons Nordberg,Erik Lundqvist,Rasmus Karlsson,Najdat Rustom,Sanna Niemi,Lukas Wetterberg,Tyler Shamy
泰勒·席林 , 劳拉·普莱潘 , 贾森·比格斯 , 玛丽亚·迪齐亚 , 凯特·穆格鲁 , 娜塔莎·雷昂 , 乌佐·阿杜巴 , 雅艾尔·斯通 , 巴勃罗·施瑞博尔 , 迈克尔·哈尔尼 , 玛德琳·布鲁尔 , 达丝莎·坡兰科 , 马特·麦高瑞 , 拉弗恩·考克斯 , 薇姬·朱迪 , 塔恩·曼宁 , 丹妮尔·布鲁克斯 , 萨米拉·威利 , 艾德丽安·C·摩尔 , 丽亚·德拉利亚 , 伊丽莎白·罗德里格斯 , 塞勒妮丝·雷瓦 , 黛安·格雷罗 , 杰基·克鲁兹 , 尼克·桑多 , 康斯坦斯·舒尔曼 , 艾玛·迈
