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继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
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莱丝利·曼维尔,蒂姆·迈克穆兰,康勒斯·希尔,马克·加蒂斯,皮帕·贝内特-华纳,Shane G. Casey,比莉·加德斯登,Daniel Charles Doherty,Chloe Harris,Paul Dunphy
朗贝尔·维尔森,阿蜜拉·卡萨,卡洛尔·布盖,琪塔·昂罗,皮埃尔·德隆尚,安托万·赖纳茨,安妮·康斯金尼,弗洛伦斯·卢瓦雷·卡耶,朴智敏,柯朗坦·菲拉,文森特·科隆布,马尔万·廷胡加,塞缪尔·博拉夫曼-芒蒂尔,Sébastien Corona,Sophie Froissard,Romain Barreau,Julian Belle
Ulf Stenberg,Miriam Ingrid,Oliver Dufåker,Aliette Opheim,托比亚斯·齐哈库斯,Jacob Nordenson,Tomas Bergström,Charlotta Jonsson,Otto Fahlgren,Alfons Nordberg,Erik Lundqvist,Rasmus Karlsson,Najdat Rustom,Sanna Niemi,Lukas Wetterberg,Tyler Shamy
泰勒·席林 , 劳拉·普莱潘 , 贾森·比格斯 , 玛丽亚·迪齐亚 , 凯特·穆格鲁 , 娜塔莎·雷昂 , 乌佐·阿杜巴 , 雅艾尔·斯通 , 巴勃罗·施瑞博尔 , 迈克尔·哈尔尼 , 玛德琳·布鲁尔 , 达丝莎·坡兰科 , 马特·麦高瑞 , 拉弗恩·考克斯 , 薇姬·朱迪 , 塔恩·曼宁 , 丹妮尔·布鲁克斯 , 萨米拉·威利 , 艾德丽安·C·摩尔 , 丽亚·德拉利亚 , 伊丽莎白·罗德里格斯 , 塞勒妮丝·雷瓦 , 黛安·格雷罗 , 杰基·克鲁兹 , 尼克·桑多 , 康斯坦斯·舒尔曼 , 艾玛·迈
贝塔·巴斯克斯 , 阿尔巴·弗洛雷斯 , 玛利亚·迪亚兹 , 玛尔塔·阿莱多 , 纳瓦·尼姆利 , Laura Baena , 赫苏斯·卡斯特洪 , 英玛·奎瓦斯 , 玛吉.斯班多斯 , 拉米罗·布拉斯 , 罗伯托·恩里奎兹 , 克里斯蒂娜·普拉萨斯 , Carlos Hipólito , 露丝·迪亚斯 , 伊西娅尔·卡斯特罗 , 邱惠祺 , 路易斯·卡叶赫 , 维罗妮卡·莫拉勒 , 玛利亚·莫拉雷斯
