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继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
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叶莲娜·利亚多娃 , 斯塔西亚·米洛斯拉夫斯卡娅 , 安娜·奇波夫斯卡娅 , 亚历山德拉·雷贝诺克 , 玛丽娜·瓦西里娃 , 尤里亚·凯林娜 , Anna Sobolevskaya , Alisa Rudenko , Alisa Kretova , Marta Evstigneeva , Ilya Kondratenko
朗贝尔·维尔森,阿蜜拉·卡萨,卡洛尔·布盖,琪塔·昂罗,皮埃尔·德隆尚,安托万·赖纳茨,安妮·康斯金尼,弗洛伦斯·卢瓦雷·卡耶,朴智敏,柯朗坦·菲拉,文森特·科隆布,马尔万·廷胡加,塞缪尔·博拉夫曼-芒蒂尔,Sébastien Corona,Sophie Froissard,Romain Barreau,Julian Belle
科林·法瑞尔,克里斯汀·米利欧缇,索瑞·安达斯鲁,迪尔德丽·奥康奈尔,马克·斯特朗,克兰西·布朗,迈克尔·凯利,斯科特·科恩,詹姆斯·马迪欧,迈克尔·泽根,迈尔斯·哈姆帕斯,卡门·艾乔戈,贝尔托·科隆,弗朗克西斯·周,Alex Anagnostidis,艾米丽·梅德, 克雷格·沃克,Ava Grey,Adrienne Acevedo Lovette,Kresh Novakovic,Mershad Torabi
安德鲁·加菲尔德 , 内森·连恩 , 拉塞尔·托维 , 阿曼达·劳伦斯 , 丹妮斯·高夫 , 内森·斯图尔特-贾瑞特 , 马克·阿诺德 , 苏珊·布朗 , 詹姆斯·麦卡德尔 , 凯蒂·哈珀
