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继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
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里斯·谢尔史密斯 , 史蒂夫·佩姆伯顿 , 丹尼尔·卡卢亚 , 黛西·海格达 , 唐·弗兰奇 , Lisa Hammond , 艾琳·阿特金斯 , 丹尼尔·英格斯 , 艾美达·斯丹顿 , 马克·博纳尔 , 维尔马·哈林布瑞 , 阿德里安·斯卡伯勒 , 伊莱耶斯·加贝尔 , 杰森·沃特金斯 , 伊丽莎白·贝林顿 , James Holmes , 克里斯托弗·比金斯 , 戴维·鲍姆伯 , Debbie Chazen , 汤姆·安德鲁斯 , 詹妮弗·亨内斯 , 莎拉·索蕾玛尼 , 露西·哈钦森 , 尼克·霍尔德
贝塔·巴斯克斯 , 阿尔巴·弗洛雷斯 , 玛利亚·迪亚兹 , 玛尔塔·阿莱多 , 纳瓦·尼姆利 , Laura Baena , 赫苏斯·卡斯特洪 , 英玛·奎瓦斯 , 玛吉.斯班多斯 , 拉米罗·布拉斯 , 罗伯托·恩里奎兹 , 克里斯蒂娜·普拉萨斯 , Carlos Hipólito , 露丝·迪亚斯 , 伊西娅尔·卡斯特罗 , 邱惠祺 , 路易斯·卡叶赫 , 维罗妮卡·莫拉勒 , 玛利亚·莫拉雷斯
詹姆斯·菲尔普斯,奥利弗·菲尔普斯,麦茜·威廉姆斯
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